Der Aufwand für die Zertifizierung ist in der Regel überschaubar. Voraussetzung ist, dass betriebliche Abläufe und relevante Nachweise dokumentiert werden und für die Kontrolle zur Verfügung stehen. Dazu gehören insbesondere Unterlagen zur Herkunft der Rohstoffe und Produkte sowie zur Einhaltung der geltenden Anforderungen. Übersichtliche Checklisten helfen bei der Vorbereitung auf die Kontrolle.
Der größte Aufwand entsteht meist beim Einstieg in das jeweilige Siegelsystem und der damit verbundenen Erstkontrolle. Die anschließenden jährlichen Kontrollen können, abhängig von Betriebsgröße und Betriebsstruktur, häufig innerhalb weniger Stunden durchgeführt werden. Werden bereits andere Standards im Betrieb geprüft, lassen sich Kontrollen in vielen Fällen kombinieren. Das kann den organisatorischen Aufwand reduzieren.